Najvyšším orgánom združenia je Valné zhromaždenie, ktoré zasadá raz za tri roky. Skladajúce sa z delegátov vyslaných všetkými územnými organizáciami FÉNIXu a rozhoduje o základných a najdôležitejších veciach, ako sú stanovy a programové vyhlásenie, základná koncepcia činnosti organizácie, štruktúra organizácie a voľba predsedu a ďalších osôb do riadiacich a kontrolných štruktúr.
Slovenská rada (ďalej SRF) DO FÉNIX predstavuje najvyšší orgán združenia medzi dvoma Valnými zhromaždeniami. Má 15 – 21 členov volených Valným zhromaždením z kandidátov spomedzi členov DO FÉNIX z celého Slovenska, a to na funkčné obdobie troch rokov.
V období medzi zasadnutiami SRF operatívne riadi organizáciu Výkonný výbor (ďalej VV), volený z členov SRF.
Na čele Slovenskej rady i Výkonného výboru stojí Valným zhromaždením volený predseda s funkčným obdobím troch rokov, ktorý je tiež prvým štatutárnym zástupcom organizácie, a zároveň riadi a koordinuje činnosť Ústredia.
Aktuálni členovia Slovenskej rady Fénixu (členovia Výkonného výboru sú vyznačení):
- Bc. Marek Džalaj (ZO Spišská Nová Ves) predseda
- Ondrej Kokavec (ZO Stará Turá)
- PaedDr. Soňa Kačíková (ZO Dubnica nad Váhom)
- Patrik Reindl (ZO Bratislava)
- Kristína Jaššová (ZO Dubnica nad Váhom)
- Mgr. Mária Maňáková (ZO Handlová)
- Mgr. Zuzana Vaverčáková (ZO Veľká Lomnica)
- Ing. Silvia Lišaníková (ZO Humenné)
- Mgr. Miroslava Stropkaiová (ZO Zemplínska Teplica)
- Lívia Valentová (ZO Držkovce)
- Bc., Mgr. Janette Šalachová (ZO Košice)
- Ing. Viktor Kopčák (ZO Košice Západ)
- Mgr. Darina Deáková (ZO Kráľova pri Senci)
- Mgr. Beáta Kočišová (ZO Levoča)
- Mgr. Michaela Revajová (ZO Mlynky)
- PhDr. Jarmila Gaálová (ZO Krásnohorksé Podhradie)
- Ing. Zdenko Rábara (ZO Čachtice)
- Mgr. Eva Pintérová (ZO Sládkovičovo)
Kontrolná komisia Fénixu (KKF)
Kontrolná komisia Fénixu je kontrolným orgánom, ktorý sa zodpovedá Valnému zhromaždeniu Fénixu. KKF pozostáva z 3 alebo 5 členov, ktorí si spomedzi seba volia predsedu.
- Ing. Norbert Škorvaga (ZO Jelka) – predseda KKF
- Mgr. Beáta Šramková (ZO Krásno nad Kysucou)
- Mgr. Emília Štofiková (ZO Klenová)