Najvyšším orgánom združenia je Valné zhromaždenie, ktoré zasadá raz za tri roky. Skladajúce sa z delegátov vyslaných všetkými územnými organizáciami FÉNIXu a rozhoduje o základných a najdôležitejších veciach, ako sú stanovy a programové vyhlásenie, základná koncepcia činnosti organizácie, štruktúra organizácie a voľba predsedu a ďalších osôb do riadiacich a kontrolných štruktúr.

Slovenská  rada (ďalej SRF) DO FÉNIX predstavuje najvyšší orgán združenia medzi dvoma Valnými zhromaždeniami. Má 15 – 21 členov volených Valným zhromaždením z kandidátov spomedzi členov DO FÉNIX z celého Slovenska, a to na funkčné obdobie troch rokov.

V období medzi zasadnutiami SRF operatívne riadi organizáciu Výkonný výbor (ďalej VV), volený z členov SRF.

Na čele Slovenskej rady i Výkonného výboru stojí Valným zhromaždením volený predseda s funkčným obdobím troch rokov, ktorý je tiež prvým štatutárnym zástupcom organizácie, a zároveň riadi a koordinuje činnosť Ústredia.

Aktuálni členovia Slovenskej rady Fénixu (členovia Výkonného výboru sú vyznačení):

  1. Bc. Marek Džalaj (ZO Spišská Nová Ves) predseda
  2. Ondrej Kokavec (ZO Stará Turá)
  3. PaedDr. Soňa Kačíková (ZO Dubnica nad Váhom)
  4. Patrik Reindl (ZO Bratislava)
  5. Kristína Jaššová (ZO Dubnica nad Váhom)
  6. Mgr. Mária Maňáková (ZO Handlová)
  7. Mgr. Zuzana Vaverčáková (ZO Veľká Lomnica)
  8. Ing. Silvia Lišaníková (ZO Humenné)
  9. Mgr. Miroslava Stropkaiová (ZO Zemplínska Teplica)
  10. Lívia Valentová (ZO Držkovce)
  11. Bc., Mgr. Janette Šalachová (ZO Košice)
  12. Ing. Viktor Kopčák (ZO Košice Západ)
  13. Mgr. Darina Deáková (ZO Kráľova pri Senci)
  14. Mgr. Beáta Kočišová (ZO Levoča)
  15. Mgr. Michaela Revajová (ZO Mlynky)
  16. PhDr. Jarmila Gaálová (ZO Krásnohorksé Podhradie)
  17. Ing. Zdenko Rábara (ZO Čachtice)
  18. Mgr. Eva Pintérová (ZO Sládkovičovo)

Kontrolná  komisia  Fénixu (KKF)

Kontrolná komisia Fénixu je kontrolným orgánom, ktorý sa zodpovedá Valnému zhromaždeniu Fénixu. KKF pozostáva z 3 alebo 5 členov, ktorí si spomedzi seba volia predsedu.

  1. Ing. Norbert Škorvaga (ZO Jelka) – predseda KKF
  2. Mgr. Beáta Šramková (ZO Krásno nad Kysucou)
  3. Mgr. Emília Štofiková (ZO Klenová)